国际基因组学杂志

尾状两栖动物有两个明显的无肺类群(蝾螈和蝾螈)(多齿螈科和多齿螈属)Onychodactylus，来自家庭瑞奈比达。考虑肺活动是在响应于氧气要求的环境和/或生态适应而发展。我们在肺蝾螈上进行了选择分析，以阐明与肺部相关的线粒体蛋白质编码基因的选择性模式。分支模型和放松分析揭示了放松选择的发生（增加了DN / DS的增加 价值)在多齿蝾螈分支的大部分线粒体蛋白编码基因中，但在多齿蝾螈分支中没有Onychodactylus．另外的分支模型和RELAX分析表明，直接发育的多齿象大多数线粒体基因呈现松弛模式，而变形的多齿象线粒体基因较少。此外，aBSREL分析在3个多齿分枝中检测到阳性密码子，而在多齿分枝中检测不到阳性密码子Onychodactylus．这三个分支中的一个对应于最近的共同祖先，其他的对应于直接发展的分支在hemidactylinae中的最近共同祖先。线粒体蛋白编码基因的正向选择可能与多齿目动物直接发育的进化有关。

单核细胞增多性李斯特氏菌序列类型1247克隆复合体8在五个欧盟国家:丹麦、爱沙尼亚、芬兰、法国和瑞典引起了长时间的多国暴发。2014年7月至2019年2月，共发现22例出现症状的病例。五名病人死于或伴随这种疾病。回顾性分析l . monocytogenes分离株VLTRLM2013发现，在第一例暴发相关病例发生前一年多的即食鱼类产品中存在一株暴发相关菌株(cgMLST型L2-SL8-ST1247-CT4158)。采用核心基因组和全基因组多位点序列分型分析比较参考暴发株和VLTRLM2013株。基因组水平的差异l . monocytogenes描述了与延长的多月经的食物脱脂局部爆发相关的菌株。得出结论，多月经爆发相关的持续性质l．monocytogenesVLTRLM2013菌株与压力岛、毒力和抗生素耐药基因可能是影响五个欧盟国家的广泛和长期暴发的决定因素。我们的结果支持全基因组测序在食品和公共卫生监测中的系统应用，并进一步鼓励其广泛采用。

背景．MicroRNAs (miRNAs)已被证明在多种恶性肿瘤中发挥重要的调节作用，包括肝细胞癌(HCC)。据报道，hsa-miR-497-5p参与多种肿瘤的癌症进展和不良预后。然而，hsa-miR-497-5p在HCC中的表达及其临床意义尚不清楚。方法．在本研究中，我们研究了hsa-miR-497-5p在HCC中的表达，并分析了临床特征与预后的相关性。使用The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库和Gene expression Omnibus (GEO)数据集分析HCC和癌旁非癌组织中hsa-miR-497-5p和潜在靶基因的表达水平。采用实时定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测328例HCC组织和30对相邻非癌组织中hsa-miR-497-5p水平。采用Kaplan-Meier法和log-rank检验评估肝癌患者的总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)。结果．hsa-miR-497-5p表达水平降低，其靶基因ACTG1、CSNK1D、PPP1CC、BIRC5在HCC组织中表达上调。低水平的hsa-miR-497-5p表达和高水平的四个靶基因与更高的肿瘤直径显著相关。此外，低hsa-miR-497-5p表达和高靶基因水平的患者OS更短。结论．hsa-miR-497-5p的表达水平可能在HCC中发挥重要的调控作用，与患者HCC进展及预后不良密切相关。hsa-miR-497-5p可能是HCC治疗的特异性靶点。

不典型甲状旁腺腺瘤(AA)相关的基因组畸变尚不清楚。因此，在此，我们试图扩大我们目前对非典型甲状旁腺腺瘤的分子基础的理解。我们分析了134例手术摘自甲状旁腺肿瘤的样本，包括甲状旁腺癌、非典型甲状旁腺腺瘤和甲状旁腺腺瘤。肿瘤是从福尔马林固定石蜡包埋的组织中获取的。对近期发表的基因组测序数据中的15个肿瘤相关基因进行靶向测序分析，平均测序深度为500x。16 (16/ 50,32%) AA肿瘤至少包含以下基因改变之一:CDC73(12 24%),EZH2(4 8%),HIC1（1,2％），和CDKN2A(1 2%)。我们的研究首次在中国人群中发现了相对较高频率的AA患者基因组改变。这表明AA出现了新创，而不是由甲状旁腺腺瘤发展而来。总之，这些发现将提高我们在分子水平上对甲状旁腺肿瘤恶性潜能的认识。

美国和全球棉花生产的主要问题之一是肾状线虫造成的损害，Rotylenchulus reniformis．从单个线虫中扩增DNA用于进一步的分子分析有时具有挑战性。本研究采用两种全基因组扩增(WGA)方法对单一肾形线虫的DNA扩增效率进行了评价。WGA使用REPLI-g Mini和Midi试剂盒以及GenomePlex单细胞全基因组扩增试剂盒进行。利用REPLI-g和SIGMA文库对肾状线虫进行序列分析，获得了4 Mb和12 Mb的基因组序列。这些序列分别组装成28,784和24,508个contigs，用于REPLI-g和SIGMA文库。两个文库中最高重复序列的复杂度都较低，卫星库和SIGMA库的重复序列复杂度最低，RTE/BOV-B。在两个库中都观察到相同的重复;而SIGMA库中还有4个重复元件(Penelope (long interspersed nucleotide element (LINE))、RTE/BOV-B (LINE)、PiggyBac和Mirage/P-element/Transib)，这些重复元件在REPLI-g库中未见。在两个文库中均发现了DNA转座子。 Both reniform nematode 18S rRNA variants (RN_VAR1 and RN_VAR2) could easily be identified in both libraries. This research has therefore demonstrated the ability of using both WGA methods, in amplification of gDNA isolated from single reniform nematodes.

钾(K⁺)在植物生长发育中起重要作用。然而，K⁺森林植物的营养在很大程度上是稀有的。在植物中,SKOR基因编码的外向整流振动筛型K⁺负责K的长途运输的渠道⁺通过根的木质部。在本研究中，我们确定了一个激振器型K⁺紫色Osier中的通道基因（柳树紫竹),被指定为SpuSKOR，并利用膜片钳电生理系统确定其功能。在系统发育树中，SpuSKOR与杨树PtrSKOR紧密聚类。实时荧光定量PCR (qRT-PCR)分析表明SpuSKOR主要在根中表达，表达在k下减少⁺耗尽条件。通过HEK293-T细胞的补丁钳分析表明，当达到-10mV的细胞膜电压时，激活了Spuskor通道的活性，并且随着膜电压的增加而增强了通道活性。响应外部K的减少记录和诱导向外电流⁺专注。我们的结果表明，Spuskor是一种典型的电压，取决于向外整流k⁺紫色柳条沟渠。本研究为揭示钾的作用机理提供了理论依据⁺木本植物的运输与分布。