国际基因组学杂志

PDF
国际基因组学杂志/2021/文章

研究文章|开放获取

体积 2021 |文章的ID 6636138 | https://doi.org/10.1155/2021/6636138

米克尔Mäesaar,拉斐尔·马梅德,特耶·伊莱亚斯,马蒂·罗亚斯托 回顾性使用全基因组测序扩大了疾病的多国暴发群单核细胞增多性李斯特氏菌ST1247”,国际基因组学杂志 卷。2021 文章的ID6636138 5 页面 2021 https://doi.org/10.1155/2021/6636138

回顾性使用全基因组测序扩大了疾病的多国暴发群单核细胞增多性李斯特氏菌ST1247

学术编辑器:Joao Paulo戈麦斯
收到了 2020年11月12日
修改后的 2021年2月18日
接受 2021年3月26日
发表 2021年04月02

摘要

单核细胞增多性李斯特氏菌序列1247型克隆复合体8在五个欧盟国家(丹麦、爱沙尼亚、芬兰、法国和瑞典)引起了长时间的多国疫情。在2014年7月至2019年2月期间,共有22例疾病病例出现症状。5名患者死于这种疾病。回顾性分析l . monocytogenes分离株VLTRLM2013显示,在第一批暴发相关病例出现一年多之前,即食鱼产品中就存在一种暴发相关菌株(cgMLST型L2-SL8-ST1247-CT4158)。采用核心基因组和全基因组多位点序列分型分析对参考爆发株和VLTRLM2013株进行比较。持久性的基因组水平差异l . monocytogenes本文描述了与长时间的多国食源性李斯特菌病暴发有关的菌株。结论是,与多国疫情有关的持久性lmonocytogenes菌株VLTRLM2013以及压力岛、毒性和抗生素耐药基因可能是影响五个欧盟国家的广泛和长期爆发的决定因素。我们的研究结果支持全基因组测序在食品和公共卫生监测中的系统应用,并进一步鼓励其广泛采用。

1.简介

单核细胞增多性李斯特氏菌能在各种环境条件下生存及繁殖[1]和栖息地,并在人和动物中引起严重感染[2].它是李斯特菌病的病原体和最严重的人畜共患病,2018年在欧盟(欧盟)的住院率(97.0%)和病死率(15.6%)最高,有2,549例确诊病例和14次食源性李斯特菌病暴发[3.].

病原体无处不在的性质[4]和食品生产环境中增长利基的存在可能是持续“内部”的原因。lmonocytogenes食品加工厂出现的菌种[1].食品生产工厂的交叉污染lmonocytogenes进入食品生产链,最终可能导致食品受到污染[5].即食食品(RTE),特别是鱼和鱼衍生产品,已被证明是重要的载体lmonocytogenes导致人类感染的传播[67],因为它们通常是经冷烟熏或未经任何热处理而食用[8,例如咸鱼生制品[7].因此,食用这些产品可能导致食源性李斯特菌病暴发[910].

在4th2019年6月,欧洲疾病预防和控制中心(ECDC)和欧洲食品安全局(EFSA)发布了关于由……引起的多国疫情的快速疫情评估(ROA)l . monocytogenes序列型(ST) 1247克隆复合体(CC) 8 [10].截至23日理查德·道金斯截至2019年5月,丹麦、爱沙尼亚、芬兰、法国和瑞典共报告了22例确诊病例单核细胞增多性李斯特氏菌2014-2019年序列型ST1247 CC8疫情[10].疫情调查指出,爱沙尼亚鱼类加工公司A是与疫情有关产品的唯一制造商[10].

2012-2013年在爱沙尼亚零售层面进行的一项研究[11]从RTE鱼类产品中收集分离物,包括源自鱼类加工公司A的产品。lmonocytogenes在这项研究中获得的分离株储存在爱沙尼亚生命科学大学的食品卫生和兽医公共卫生系。我们假设lmonocytogenes在第一例确诊的与疫情有关的病例之前一年半从该培养物收集中获得的分离物是同一长时间多国暴发群集的一部分。

2.材料和方法

2.1.菌株

lmonocytogenes菌株VLTRLM2013于2013年1月29日从A公司真空包装盐渍三文鱼切片产品中分离得到。该样本最初是在一项研究中收集的,该研究聚焦于2012-2013年零售层面的爱沙尼亚原产地真空和改性空气包装RTE肉和鱼产品[11].在这项研究中,VLTRLM2013是唯一来自A公司的菌株。该毒株在爱沙尼亚兽医和食品实验室按照EVS-EN ISO 11290-1:2000/A1:2004进行分离[12].分离的菌株被储存在爱沙尼亚生命科学大学食品卫生和兽医公共卫生系的保护微生物保存系统试管中(技术服务顾问,英国),温度为-82℃。

按照Mäesaar和Roasto的描述进行基因组测序和组装[13].分离物在37°C好氧生长条件下,在血琼脂(Biolife Italiana, Italy)上重新培养。基因组DNA提取使用IndiSpin病原试剂盒(Indical Biosciences, Germany)。使用量子比特4荧光计和双链DNA宽范围检测试剂盒(美国Thermo Fischer Scientific公司)检测DNA浓度和质量。使用M220聚焦超声仪(Covaris, USA)剪切DNA,使用TruSeq无DNA pcr文库制备试剂盒(Illumina, USA)制备文库。在爱沙尼亚兽医和食品实验室使用Illumina MiSeq系统和MiSeq试剂试剂盒v3(600循环)进行DNA提取和测序。使用FastQC v0.11.9评估读取的质量[14],并使用Trimmomatic v0.39进行修剪[15].使用SPAdes v3.14.1组装读取[16],并按照Llarena等人的描述应用装配后质量滤波。[17, Mäesaar和Roasto [13].

原始测序reads、基因组序列和基因组组装已分别存入国家生物技术信息中心(NCBI)数据库,登录号为SRR11789329、JABGCT000000000.1和GCA_013302955.1 [13].基因组组装也提交给了lmonocytogenes多位点序列分型MLST数据库(https://bigsdb.pasteur.fr/listeria/)[1819,身份证号为48183。

代表lmonocytogenes本研究中使用的ST1247参考爆发株基因组先前由ECDC和欧洲食品安全局连同lmonocytogenes快速疫情评估,并可在欧洲核苷酸档案(ENA)中获得,注册编号为ERR2223569 [10].本研究中使用的基因组组装可根据ECDC的要求获得。

2.2.基因组分析

采用核心基因组(cg)和全基因组(wg) MLST分析比较了参考爆发株和VLTRLM2013株。巴斯德研究所lmonocytogenes采用MLST数据库进行cgMLST分析,方案包含1748个基因[18].chewBBACA软件v2.5.4 [20.用于wg/cgMLST模式创建、等位基因调用和cgMLST提取,参数值为默认值。参考爆发菌株读取与VLTRLM2013一起用作Snippy v4.6.0变体调用的参考基因组,使用默认参数值[21].基因组注释使用Prokka v1.14.6和UniProt进行lmonocytogenes蛋白质组(UP000000817)作为注释参考和默认参数值[2223].在wg/cgMLST分析中确定的等位基因差异被翻译,然后使用基本局部对齐搜索工具(BLAST)注释[24- - - - - -26].使用巴斯德研究所测定了VLTRLM2013菌株中毒力、金属和清洁剂耐药性、应激岛和抗生素耐药性基因的存在lmonocytogenes数据库(18

所有来自巴斯德研究所关于cgMLST、毒力、应力岛、金属和清洁剂耐药性以及抗生素耐药性基因的分析结果都可以通过bigdb -巴斯德网站访问,识别号为VLTRLM2013株,编号为48183。

3.结果

研究表明,lmonocytogenes菌株VLTRLM2013属于同一ST1247 CC8,推导出pcr -血清群IIa (4) [1318]和相同的cgMLST集群(L2-SL8-CC8-CT4158, Institut Pasteur方案[18],由巴斯德研究所进行分析)作为参考暴发株[10].这两个菌株有三个等位基因差异(lmo1630trpC),lmo2399,lmo2778),根据1748 cgMLST方案在两个分离株中检测到1744个位点[18].

使用楚巴卡和基于VLTRLM2013和参考爆发株创建的wgMLST方案包含2,783个基因。等位基因图谱的比较揭示了两个分离株之间的5个等位基因差异,在两个分离株中检测到2770个位点。5个等位基因差异中有3个与巴斯德研究所1748 cgMLST方案发现的差异一致[18].另外两个差异是编码限制性内切酶亚基S和udp - n -乙酰muromoyl- l-丙酰-d -谷氨酸-2,6-二氨基opimate连接酶蛋白的位点。五分之四的等位基因差异由snp组成lmo1630lmo2399lmo2778,禁闭基因。所有检测到的snp都是非同义的,并没有导致过早停止密码子(PMSC)。唯一的非snp等位基因差异存在于限制性内切酶亚基S蛋白的编码位点,根据BLASTp比对,两株菌株的等位基因相似度为76%。

在巴斯德研究所毒力基因计划所包含的93个毒力相关基因中[18],在VLTRLM2013中有57个可能是功能性的(完整的编码区),包括而且inlB编码与宿主细胞入侵相关蛋白质的基因[2728].李斯特菌存在致病性岛1 (LIPI-1),但在分离株VLTRLM2013的基因组中未检测到LIPI-2、LIPI-3和LIPI-4基因[29- - - - - -32].

在巴斯德研究所的MLST数据库方案中,没有发现12种金属和清洁剂抗性基因出现在lmonocytogenes应变VLTRLM2013。

应力岛分析显示存在lmo1800编码与毒力相关的蛋白LipA的基因lmonocytogenes33].此外,分析发现了五基因应激生存胰岛(si -1)的存在,它有助于病原体在次优条件下的生长[34].

WGS分析还揭示了五个与抗生素耐药性相关的基因的存在:fosX(磷霉素)35),lmo0919(lincosamides) [36),mprF(阳离子抗菌肽)[37),norB(喹诺酮)38),而(磺胺类药)。

4.讨论

Van Walle等人证实了使用WGS加强李斯特菌病监测的好处。[39].该研究表明,结合流行病学和食品接触调查使用分子分型可能导致更早发现与禽流感相关的多国聚集性疫情l . monocytogenes39].WGS已成功应用于多个国家的调查lmonocytogenes在欧盟爆发的疫情[9104041].

许多研究报告了食品中反复出现的持久性污染物lmonocytogenes在食品加工厂存活数月至数年的菌种[1442- - - - - -44].在本研究中,持久性定义为长期生存,如反复隔离lmonocytogenes属于ST1247的菌株在食品加工环境中长期重复交叉污染食品。lmonocytogenes2014年7月至2019年2月分离到与暴发株参考基因组匹配的ST1247株CC8分离株[10].分离物来自爱沙尼亚加工公司A的环境样品和鱼类产品,也来自人类患者[10].lmonocytogenesST1247 CC8菌株VLTRLM2013于2013年1月从该公司真空包装盐渍三文鱼切片产品中分离得到。先前在爱沙尼亚进行的研究已经证实RTE鱼类产品是高危类产品lmonocytogenes711].回顾性分析显示存在与爆发相关的情况lmonocytogenes菌株在第一批暴发相关病例之前一年多。菌株VLTRLM2013与2017年分离的丹麦代表性暴发株属于同一cgMLST簇(L2-SL8-CC8-CT4158)。根据巴斯德研究所的方案,这两株菌株仅有3个cgMLST等位基因差异[18],这与Moura等人此前报道的核心基因组进化速率相似。[18].cgMLST分析证实了假设lmonocytogenes株VLTRLM2013属于ECDC和欧洲食品安全局检测到的疫情集群[10].此外,基于这两个分离创建的wgMLST模式能够扩展从巴斯德研究所的cgMLST模式获得的结果。wgMLST分析显示两个分离株之间仅有5个等位基因差异。等位基因差异的数量表明两个分离株非常相似,进一步支持集合假说。

lmonocytogenesST1247 CC8爆发相关分离株已在2013年至2019年传播了6年多,造成22例李斯特菌病病例的多国长时间暴发[10].在2014-2018年期间,总共有9个lmonocytogenes卫生委员会在爱沙尼亚检出ST1247菌株[45].si -1的存在,它以前与持久性有关l . monocytogenes压力(43],可能是与。相关的长时间爆发的潜在原因lmonocytogenesST1247 CC8分离物VLTRLM2013。si -1的存在可以使分离物在低pH值和高盐浓度下的生长具有竞争优势,因此使分离物在次优条件下(例如在食物环境中)更持久[34].

从所有确诊的李斯特菌病个案( 引起的lmonocytogenesST1247,已有5名患者死于或患有此病[10].菌株VLTRLM2013的毒力可能与毒力因子分析发现的57个已知毒力基因的存在有关。结果包括而且inlB与宿主细胞入侵相关的基因[2728].舒伯特等人[27]证明了李斯特蛋白InlA在人肠道中的细菌粘附和上皮细胞入侵中有作用。后者与InlB促进InlA不允许的细胞入侵的能力相辅相成[28].分离株VLTRLM2013含有LIPI-1基因,但缺乏LIPI-2、LIPI-3和LIPI-4基因,也不含耐金属和耐清洁剂基因。此外,菌株VLTRLM2013具有lmo1800该基因编码与毒力相关的蛋白LipAlmonocytogenes体内(33].菌株VLTRLM2013的基因组具有对磷霉素、林可酰胺、阳离子抗菌肽、喹诺酮类药物和磺胺类药物的耐药基因。

与多国疫情有关的持久性lmonocytogenes株VLTRLM2013连同压力岛、毒性和抗生素耐药基因可能是影响五个欧盟国家的如此广泛而持久的疫情的原因[10].

5.结论

回顾性使用全基因组测序分析,使扩大知识l . monocytogenesST1247 CC8多国爆发集群。在本研究中,我们对持久性的基因组水平差异提供了见解l . monocytogenes与多国长期食源性李斯特菌病爆发有关的菌株。让不同的利益攸关方参与进来,如国家食品管制和公共卫生机构、大学和其他研究机构,可确保及时对食源性疫情进行流行病学分析。

在日常监测中系统和及时地应用WGS有助于提高食源性疫情调查的有效性,因此,有助于预防和/或减少与食源性疫情相关的疾病病例。对于后者,不应低估常规WGS分析和基因组数据共享的重要性。

数据可用性

作者确认在本文中提供了所有支持数据、代码和协议。

的利益冲突

作者声明本论文的发表不存在任何利益冲突。

致谢

我们要感谢欧洲食品安全局(EFSA)、欧洲疾病预防和控制中心(ECDC)提供了具有丹麦代表性的暴发菌株基因组汇编,以及巴斯德研究所BIGSdb-Lm数据库的馆长https://bigsdb.pasteur.fr有用的反馈。特别感谢Saara Kotila (ECDC)和Alexandra Moura(巴斯德研究所)的相关专题讨论和专业建议lmonocytogenespcr分析。这项工作得到了欧盟Horizon 2020赠款COMBIVET 857418的支持,“在爱沙尼亚生命科学大学兽医和动物科学研究所设立比较医学ERA主席”。

参考文献

  1. V. Ferreira, M. Wiedmann, P. Teixeira和M. J. Stasiewicz,“食物相关环境中的单核增生李斯特菌持久性:流行病学、菌株特征和对公共卫生的影响,”食品保护杂志第77卷第1期。1, pp. 150-170, 2014。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  2. M. J. Gary, N. E. Freitag和K. J. Boor,“细菌病原体单核增生李斯特菌是如何介导从环境的杰基尔博士到致病的海德先生的转变”,感染和免疫第74卷第4期。5,页2505-2512,2006。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  3. 欧洲食品安全局和欧洲疾病预防和控制中心(欧洲食品安全局和欧洲疾病预防和控制中心),《欧盟单一健康2018年人畜共患病报告》,欧洲食品安全署杂志,第17卷,no。12,第e05926条,2019。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  4. D. Leong, A. Alvarez-Ordóñez和K. Jordan,“监测爱尔兰共和国食品和食品加工环境中单核增生李斯特菌的发生和持久性”,微生物学前沿2014年,第5卷,第436页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  5. M. Jami, M. Ghanbari, M. Zunabovic, K. J. Domig,和W. Kneifel,“水生食品中的单核增生李斯特菌综述”,食品科学与食品安全综合综述“,第13卷第1期。5, pp. 798-813, 2014。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  6. 欧洲食品安全局生物危害小组(BIOHAZ), A. Ricci, A. Allende等,“欧盟即食食品的单核增生李斯特菌污染及其对人类健康的风险”,欧洲食品安全署杂志第16卷第1期。1、文章e05134, 2018。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  7. J. Koskar, T. Kramarenko, K. Meremae等人,“爱沙尼亚5年期间各种即食食品中单核增生李斯特菌的患病率和数量”。食品保护杂志,第82卷,no。4, pp. 597-604, 2019。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  8. U. Lyhs, H. Korkeala,和J. Bjdörkroth,“用核蛋白分型法从变质的真空包装“gravad”虹鳟中鉴定乳酸菌”,国际食品微生物学杂志,第72卷,no。1-2页,147-153,2002。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  9. S. Schjørring, S. G. Lassen, T. Jensen等人,“通过综合监测和全基因组测序(WGS)发现的由冷熏三文鱼引起的李斯特菌病跨境暴发,丹麦和法国,2015年至2017年,”欧元的监测,第22卷,no。第17-00762条,2017。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  10. 欧洲疾病预防和控制中心和欧洲食品安全局(ECDC和EFSA), "与食用冷熏鱼产品有关的单核增生李斯特菌克隆复合体8感染多国暴发",欧洲食品安全署支持出版物第16卷第1期。6, EN-1665, 2019。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  11. T. Kramarenko, M. Roasto, R. Keto-Timonen等人,“零售水平的爱沙尼亚原产地的即食真空和改性气氛包装肉和鱼产品中的单核增生李斯特菌,”食品控制, vol. 67, pp. 48-52, 2016。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  12. 爱沙尼亚标准化中心,EVS-EN ISO 11290-1:2000 /A1:2004食品和动物饲料微生物学:单增李斯特菌横向检测和枚举方法。第1部分:检测方法。修改1:对分离培养基和溶血试验进行了修改,纳入了精确数据, 2004年,2020年9月,https://www.evs.ee/en/evs-en-iso-11290-1-2000-a1-2004
  13. M. Mäesaar和M. Roasto,“多国暴发相关单核增生李斯特菌序列型1247株基因组序列草案,VLTRLM2013,”微生物资源公告第9卷第1期。第32条,e00698- 20,2020。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  14. 美国安德鲁斯,FastQC:用于高通量序列数据的质量控制工具, 2010年,2020年9月http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc
  15. a . M. Bolger, M. Lohse和B. Usadel,“Trimmomatic:用于Illumina序列数据的灵活微调器”,生物信息学,第30卷,no。15, pp. 2114-2120, 2014。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  16. a . Bankevich, S. Nurk, D. Antipov等,“SPAdes:一种新的基因组组装算法及其在单细胞测序中的应用”,计算生物学杂志,第19卷,no。5, pp. 455-477, 2012。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  17. a . K. Llarena, B. F. Ribeiro‐Gonçalves, D. Nuno Silva等人,“INNUENDO:整合基因组学监测食源性致病菌的跨部门平台”,欧洲食品安全署支持出版,第15卷,no。11,第EN-1498条,2018。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  18. A. Moura, A. Criscuolo, H. Pouseele等人,“基于全基因组的人群生物学和单核增生李斯特菌的流行病学监测”,微生物学性质,卷2,第16185条,2016年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  19. K. A. Jolley和M. C. J. Maiden,“BIGSdb:种群水平上细菌基因组变异的可扩展分析”,BMC生物信息学2010年第595条,第11卷。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  20. M. Silva, M. P. Machado, D. N. Silva等人,“咀嚼bbaca:一个完整的基因模式创建和菌株识别套件,”微生物基因组学,第4卷,no。3、第e000166条,2018。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  21. t . Seemann快速细菌变异从NGS读取呼叫, 2015, 2020年9月,https://github.com/tseemann/snippy
  22. T. Seemann,《Prokka:快速原核基因组注释》生物信息学,第30卷,no。14, pp. 2068-2069, 2014。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  23. UniProt联盟,“UniProt:蛋白质知识的全球中心”,核酸的研究,第47卷,no。D1,第D506-D515页,2019。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  24. S. F. Altschul, T. L. Madden, a . a . Schäffer等人,“gap BLAST和pse -BLAST:新一代蛋白质数据库搜索程序”,核酸的研究,第25卷,no。17, pp. 3389-3402, 1997。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  25. S. F. Altschul, J. C. Wootton, E. M. Gertz等人,“使用成分调整替代矩阵的蛋白质数据库搜索”,2月日报第272卷,no。20, pp. 551 - 5109, 2005。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  26. E. Gasteiger, A. Gattiker, C. Hoogland, I. Ivanyi, R. D. Appel,和A. Bairoch,“ExPASy:用于深度蛋白质知识和分析的蛋白质组学服务器”,核酸的研究第31卷第1期。13, pp. 3784-3788, 2003。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  27. W. D. Schubert, C. Urbanke, T. Ziehm等人,“单核增生李斯特菌的主要入侵蛋白internalin的结构与其人类受体e -钙粘蛋白的复合物,”细胞第111卷第1期。6,第825-836页,2002年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  28. H. Bierne和P. Cossart,“InlB,一种单核增生李斯特菌的表面蛋白,作为一种入侵素和生长因子,”细胞科学杂志第115卷第1期。第17页,3357-3367页,2002。视图:谷歌学术搜索
  29. J. A. Vázquez-Boland, G. Domínguez-Bernal, B. González-Zorn, J. Kreft和W. Goebel,“李斯特菌的致病性岛和毒力进化”,微生物和感染,第3卷,第3期。7, pp. 571-584, 2001。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  30. G. Domínguez-Bernal, S. Müller-Altrock, B. González-Zorn等人,“在伊万诺维李斯特菌中,一个自发的基因组缺失识别出了LIPI-2,一种编码鞘磷脂酶和大量内磷脂的物种特异性致病性岛,”分子微生物学第59卷,no。2,第415-432页,2006。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  31. E. M. Clayton, K. M. Daly, C. M. Guinane, C. Hill, P. D. Cotter和P. R. Ross,“非典型无伤李斯特菌株具有完整的LIPI-3,”BMC微生物学第14卷第4期。58岁的2014人。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  32. M. M. Maury, Y. H. Tsai, C. Charlier等人,“利用其生物多样性揭示单核增生李斯特菌的高毒力”,自然遗传学,第48卷,no。3, pp. 308-313, 2016。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  33. R. Kastner, O. Dussurget, C. Archambaud等人,“LipA,一种参与单核增生李斯特菌毒力的酪氨酸和脂质磷酸酶,”感染和免疫,第79卷,no。6, pp. 2489-2498, 2011。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  34. S. Ryan, M. Begley, C. Hill和C. G. M. Gahan,“在次优条件下促进单核增生李斯特菌生长的五基因应激生存胰岛(si -1)。”应用微生物学杂志第109卷第1期。3,第984-995页,2010。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  35. K. L. Fillgrove、S. Pakhomova、M. R. Schaab、M. E. Newcomer和R. N. Armstrong,“单核增生李斯特菌磷霉素耐药蛋白的基因组编码结构和机制,”生物化学第46卷第4期。27,页8110-8120,2007。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  36. D. Dar, M. Shamir, J. R. Mellin等人,“Term-seq揭示了细菌中丰富的核糖调控抗生素耐药性。”科学第352卷,不。6282,文章aad9822, 2016。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  37. K. Thedieck, T. Hain, W. Mohamed等人,“MprF蛋白是利斯特菌膜中磷脂的赖氨酸化所必需的,并使单核增生李斯特菌对阳离子抗菌肽(camp)产生耐药性。”分子微生物学第62卷,no。5,第1325-1339页,2006年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  38. L. Haubert, F. S. Kremer和W. P. da Silva,“从巴西南部新鲜混合香肠中分离出的耐多药单核增生李斯特菌血清型1/2a全基因组测序鉴定”,遗传学与进化, vol. 65, pp. 127-130, 2018。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  39. I. Van Walle, J. T. Björkman, M. Cormican等人,“欧洲李斯特菌Wgs分型组。2010 - 2015年欧洲全基因组测序强化李斯特菌病监测的回顾性验证。”欧元的监测第23卷第3期。33,第1700798条,2018。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  40. 欧洲疾病预防和控制中心和欧洲食品安全局(ECDC和EFSA), "与即食肉制品有关的单核增生李斯特菌6型序列感染多国暴发",欧洲食品安全署支持出版物第16卷第1期。12, EN-1745条款,2019。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  41. "欧洲疾病预防和控制中心和欧洲食品安全局"快速风险评估:单核增生李斯特菌血清组IVb多国暴发,多位点序列6型,与冷冻玉米和可能与其他冷冻蔬菜有关的感染——首次更新, 2018年,2020年9月,https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/rapid-risk-assessment-multi-country-outbreak-listeria-monocytogenes-serogroup-ivb视图:谷歌学术搜索
  42. R. Keto-Timonen, R. Tolvanen, J. Lundén,和H. Korkeala,“利用扩增片段长度多态性分析冷藏食品加工厂单核增生李斯特菌多样性和持久性的8年监测”,食品保护杂志,第70卷,no。第8页,1866-1873页,2007年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  43. a . S. Harrand, B. Jagadeesan, L. Baert, M. Wiedmann和R. H. Orsi,“食品加工厂中单核增生李斯特菌的进化涉及有限的单核苷酸替换,但通过获得和失去前噬菌体实现了相当大的多样化。”应用与环境微生物学,第86卷,no。6,第e02493-19条,2020年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  44. A. Fagerlund, S. Langsrud, B. C. T. Schirmer, T. m ø retrr ø和E. Heir,“在三文鱼和家禽加工环境中持续存在的单核增生李斯特菌8型序列菌株的基因组分析及与相关菌株的比较,”《公共科学图书馆•综合》,第11卷,no。3、文章e0151117, 2016。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
  45. h .董事会爱沙尼亚的传染病统计数字。部分172020年9月,https://www.terviseamet.ee/sites/default/files/Nakkushaigused/Trukised/nakkushaiguste_esinemine_eestis_17.pdf

betway赞助版权所有©2021 Mihkel Mäesaar等。这是一篇开放获取的文章创作共用授权协议该法律允许在任何媒体上不受限制地使用、分发和复制,前提是必须正确引用原著。


更多相关文章

PDF 下载引用 引用
下载其他格式更多的
订单打印副本订单
的观点374
下载245
引用

相关文章